Franziskanerkirche
Die Franziskanerkirche, erbaut bald nach der Gründung des Klosters um 1460, ist eine typische Bettelordenskirche mit fein gegliedertem Netzrippengewölbe im Chorraum und einfachem Langhaus mit Flachdecke.
Nach der Säkularisation des Klosters 1803 wurde die Kirche viele Jahre profan genutzt. Seit 1871 ist die Franziskanerkirche im Eigentum der Kath. Kirchenstiftung Mariä Himmelfahrt. Im Zuge der Regotisierungsarbeiten in der Kelheimer Stadtpfarrkirche wurden die gotische Altarmensa und Teile der barocken Einrichtung wie das Hochaltargemälde Mariä Himmelfahrt, von Johann Gebhard gemalt, und das Chorgestühl in die Franziskanerkirche verbracht.
Die ehem. Klosterkirche der Franziskaner prägt das Ortsbild Kelheims und ist ein Baudenkmal von überregionaler Bedeutung. Die Kath. Kirchenverwaltung Mariä Himmelfahrt ließ die Franziskanerkirche, die Michaelskirche und den südlichen Kreuzgang in den Jahren 1992 bis 1997 instandsetzen. In einem Dreiklang werden diese Gebäude seither als Gotteshaus, Konzertraum und Orgelmuseum genutzt.